CROPSR: UNA NUEVA HERRAMIENTA PARA ACELERAR LOS DESCUBRIMIENTOS GENÉTICOS EN CULTIVOS
08/06/2023
Los genomas de los cultivos se adaptan a través de generaciones de mejoramiento para optimizar rasgos específicos y, hasta hace poco, los mejoradores se limitaban a la selección de la diversidad natural. La tecnología de edición de genes CRISPR/Cas9 puede cambiar esto, pero las herramientas de software necesarias para diseñar y evaluar experimentos CRISPR hasta ahora se han basado en las necesidades de edición en genomas de mamíferos, que no comparten las mismas características que los genomas de cultivos complejos.
Ingrese a CROPSR, la primera herramienta de software de código abierto para el diseño y la evaluación de todo el genoma de secuencias de ARN guía (ARNg) para experimentos CRISPR, creada por científicos de CABBI, un Centro de Investigación de Bioenergía (BRC) financiado por el Departamento de Energía. El enfoque de todo el genoma reduce significativamente el tiempo necesario para diseñar un experimento CRISPR, lo que reduce el desafío de trabajar con cultivos y acelera el diseño, la evaluación y la validación de la secuencia de ARNg, según el estudio publicado en BMC Bioinformatics.
Para satisfacer mejor las necesidades de los genetistas de cultivos, el equipo creó un software que elimina las restricciones impuestas por otros paquetes sobre el diseño y la evaluación de secuencias de gRNA, las guías utilizadas para localizar material genético objetivo. Los miembros del equipo también desarrollaron un nuevo modelo de aprendizaje automático que no evitaría las guías para las regiones genómicas repetitivas que a menudo se encuentran en las plantas, un problema con las herramientas existentes.
Más información y fuente: Mundo agropecuario